Esta historia trata sobre tres chicas de secundaria que, luego de un paseo escolar a la Tokyo Tower con sus respectivos colegios, son invocadas al planeta Cephiro para cumplir una leyenda que cambiaría el destino de este mundo.
Hikaru Shidou, Fuu Hououji y Umi Ryuuzaki terminan siendo transportadas a este extraño planeta donde conocen al hechicero Clef. Este les devela que son las legendarias Magic Knights, convocadas por la Princesa Emeraude, actual Pilar de Cephiro (básicamente, algo esencial para la supervivencia de todas las especies y del universo mismo).
Su misión es rescatarla de las garras de Zagato, su sumo sacerdote, que la secuestró.
